Der Hacker Neo hat nur 72 Stunden Zeit, um einen Angriff abzuwehren: Feindliche Maschinen haben es auf die letzte menschliche Siedlung weit unter der Erdoberfläche abgesehen. Mithilfe von Trinity und Morpheus stellt er sich den Gegnern. Doch diese gewinnen durch Klonen und Updates immer mehr an Kraft. Der finale Kampf gegen die feindlichen Maschinen scheint kurz bevor zu stehen.