Der letzte Teil der Matrix-Trilogie beginnt an jener Stelle, an der Teil zwei endete: Soldaten und mutige Zivilisten der Menschensiedlung Zion versuchen verzweifelt, die feindlichen Maschinen aufzuhalten. Nachdem Neo das Orakel befragt hat, wagt sich der Auserwählte gemeinsam mit Trinity in die bedrohliche Maschinenstadt vor und versucht dort, die Zukunft der Menschheit zu sichern.