Computerhacker Neo (Keanu Reeves) wird von einer mysteriösen Frau namens Trinity (Carrie-Anne Moss) kontaktiert und vor einer Gefahr gewarnt. Nachdem Neo anschließend von ebenso mysteriösen Agenten verhört wird, trifft er auf Morpheus (Laurence Fishburne). Von ihm erfährt er, dass die Menschheit von einer Cyber-Intelligenz kontrolliert wird. Zusammen versuchen sie, die Menschheit zu befreien.